Pengorganisasian adalah langkah untuk menetapkan, menggolong-golongkan, dan mengatur berbagai macam kegiatan, menetapkan tugas-tugas pokok dan wewenang, dan pendelegasian wewenang oleh pimpinan kepada staf dalam rangka mencapai tujuan organisasi. Fungsinya adalah untuk memadukan (sinkronisasi) dan mengatur semua kegiatan yang ada kaitannya dengan personil, finansial, material, dan tata cara untuk mencapai tujuan organisasi yang telah disepakati bersama.
Sementara menurut Samuel C. Certo, pengorganisasian (organizing) ialah suatu proses di mana ditetapkan penggunaan teratur, semua sumber-sumber daya di dalam sistem manajemen yang ada. Pengggunaan tersebut, menekankan pencapaian sasaran-sasaran sistem manajemen yang bersangkutan, dan ia bukan saja membantu membuat sasaran-sasaran menjadi jelas, tetapi ia menjelaskan pula sumber-sumber daya macam apa yang akan digunakan untuk mencapainya.
Implementasi sistem manajemen K3 dalam organisasi bertujuan untuk meningkatkan kinerja K3 dengan melaksanakan upaya K3 secara efisien dan efektif sehingga resiko kecelakaan dan penyakit akibat kerja dapat dicegah atau dikurangi.
Setiap organisasi – besar atau kecil – memiliki resiko K3 sesuai dengan sifat dan jenis kegiatannya masing-masing. Karena itu, mereka pasti telah menjalankan upaya keselamatan dan kesehatan kerja. Yang berbeda adalah kualitas implementasinya.
Dalam organisasi yang tradisional, program K3 mungkin telah dijalankan namun tidak dalam rangka kesisteman yang baik, bentuknya tidak beraturan dan acak, sehingga hasil yang dicapai juga kurang efektif. Organisasi yang menerapkan SMK3 program Implementasi tertata dalam rangka kesisteman yang baik sehingga hasil yang diperoleh juga lebih baik.
Pelaksanaan K3 di Rumah Sakit sangat tergantung dari rasa tanggung jawab manajemen dan petugas, terhadap tugas dan kewajiban masing-masing serta kerja sama dalam pelaksanaan K3. Tanggung jawab ini harus ditanamkan melalui adanya aturan yang jelas. Pola pembagian tanggung jawab, penyuluhan kepada semua petugas, bimbingan dan latihan serta penegakkan disiplin. Ketua organisasi/satuan pelaksana K3 secara spesifik harus mempersiapkan data dan informasi pelaksanaan K3 di semua tempat kerja, merumuskan permasalahan serta menganalisis penyebab timbulnya masalah bersama unit-unit kerja, kemudian mencari jalan pemecahannya dan mengkomunikasikannya kepada unit-unit kerja, sehingga dapat dilaksanakan dengan baik. Selanjutnya memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan program, untuk menilai sejauh mana program yang dilaksanakan telah berhasil. Apabila hasil evaluasi mengindikasikan ketidakberhasilan, maka perlu diidentifikasi penyimpangannya serta ditetapkan solusianya (Menkes RI, 2007).