Sel bukanlah semata-mata suatu kantong yang berisi cairan, enzim, dan bahan kimia, tetapi juga mengandung struktur-struktur fisis yang tersusun dengan sangat sempurna, yang disebut sebagai organel dan sangat penting bagi fungsi sel. Misalnya tanpa adanya mitokhondria, maka lebih dari 95% energi yang disuplai oleh sel akan segera menghilang.
Sitoplasme terisi dengan partikel-partikel dan organel-organel baik yang kecil maupun yang besar, dengan ukuran dari beberapa nanometer sampai beberapa mikrometer. Bagian cairan sitoplasma yang jernih dimana partikel-partikel didispersikan disebut sitosol yang mengandung terutama protein, elektrolit, glukosa dan sedikit campuran lemak yang terlarut. Bagian dari sitoplasma yang langsung berada dibawah membran sel seringkali mengandung mikrofilamen-mikrofilamen yang terutama terdiri dari aktin fibrialle. Ini merupakan bahan penyokong membran sel yang menyerupai gel setengah padat (semisolid). Daerah sitoplasma ini disebut korteks atau ektoplasma. Sitoplasma yang terletak antara korteks dan membran nuklear bersifat cair disebut endoplasma.
Di dalam sitoplasma inilah tersebar berbagai bahan, yaitu globulus lemak netral, granula-granula glikogen, ribosom, granula sekretoris, dan lima macam organel terpenting yaitu Retikulum endoplasma, aparatus golgi, mitokondria, lisosom dan periksisom.