Perilaku hidup sehat dan bersih adalah pencegahan dan perlindungan terbaik. Sebaiknya mencuci tangan dengan sabun dan air sesudah ke WC, sebelum makan, sesudah membuang ingus dan sesudah mengganti popok atau pakaian kotor. Pinjam-meminjam cangkir, sendok garpu, alat kebersihan pribadi misalnya handuk, lap muka, sikat gigi dan pakaian, terutama sepatu dan kaus kaki adalah perilaku yang berpotensi mempercepat penyebaran penyakit ini. Mencuci pakaian kotor harus dengan baik dan higienis. Perilaku batuk dan bersin, sebaiknya harus menutup mulut dan hidung dengan baik. Bersihkanlah hidung serta mulut dengan tisu wajah, sesudah dipakai sekali buanglah, kemudian cucilah tangan. Anak yang terkena penyakit tangan, kaki dan mulut seyogyanya jangan dulu ke sekolah atau tempat penitipan anak sampai lepuhnya mengering. Penyakit ini sebaiknya dilaporkan kepada pengurus tempat penitipan anak atau kepala sekolah untuk dilakukan pencegahan dengan baik.
Seperti halnya infeksi virus pandemi lainnya seperti SARS atau flu burung, fenomena infeksi enterovirus 71 di bagian selatan Cina tersebut sangat berpotensi menyebar di Negara Indonesia bila tidak dilakukan antisipasi dengan baik. Meskipun diakui untuk melakukan skrening atau deteksi manusia yang masuk dari negera tersebut ke Indonesia sulit dilakukan. Paling tidak departemen kesehatan dan berbagai jajarannya termasuk tenaga medis di Indonesia nantinya harus cepat dalam mengantisipasinya. Tindakan yang mungkin segera dapat dilakukan oleh pemerintah adalah melakukan “traveller warning” kepada masyakat Indonesia dalam berkunjung ke daerah yang berpotensi terjadi penularan. Nantinya harus lebih dicermati apakah infeksi KTM yang terjadi di dalam masyarakat adalah Coxsackie A 16 atau Enterovirus 71. Untuk itu diperlakukan penemuan kasus dan pelaporan yang baik dan terkoordinasi bila terjadi. Jangan sampai infeksi enterovitrus 71 sudah banyak mengancam nyawa anak Indonesia, tetapi tindakan antisipasi baru dilakukan.