Reaksi obat yang merugikan merupakan kekhawatiran pada pasien yang kerapkali mendapat banyak obat untuk mengobati infeksi HIV atau pun komplikasinya. Banyak obat dapat menimbulkan efek toksik yang berat.
Pendidikan pasien mencakup informasi tentang tujuan pemberian obat; pemberiannya yang benar; efek samping yang mencakup efek yang harus segera mendapat perhatian dari dokter atau perawat yang merawat pasien; dan strategi untuk menangani atau mencegah efek samping.
Tanda-tanda serta gejala yang ditimbulkan oleh preparat antivirus dan harus segera dilaporkan mencakup keadaan berikut ini: untuk zidovuridin (ZDV, AZT, Retrovir), sakit kepala, demam, keluhan mudah lelah, ruam, nyeri otot, nyeri abdomen atas yang berat dan napas yang pendek; untuk didanosin (ddl, Videx), diare, nyeri abdomen atas yang berat, mual dan vomitus yang persisten, rasa nyeri, kesemutan atau perasaan baal (patirasa), kesulitan bernapas dan mental konfusi; untuk dideoksisitidin (ddC, Hivid), Luka-luka pada mulut, ruam, gatal-gatal, nyeri abdomen atas, nausea dan vomitus yang persisten, perasaan baal atau kesemutan, mental konfusi dan konvulsi; dan untuk stavudin perasaan baal, nyeri atau kesemutan pada ekstremitas.
Obat-obat lain yang mungkin diperlukan mencakup, tapi tidak terbatas pada preparat opioid, trisiklikdan NSAID untuk meringankan rasa nyeri; obat-obat untuk terapi infeksi oportunis; antihistamin (difenhidramin) untuk mengurangi pruritus (rasa gatal); asetaminofen atau aspirin untuk pengobatan demam; dan antiemetic untuk mengendalikan mual dan vomitus.
Penggunaan banyak obat ini bersama zidovudin dapat menimbulkan kelainan hepar dan hematologi; pemantauan laboratotium yang cermat diperlukan untuk mendeteksi kelainan tersebut.