Diagnosis dini dan penanganan infeksi oportunis serta terapi antivirus dianggap sebagai penyebab perbaikan yang dramatis atas kelangsungan hidup para penderita AIDS sejak tahun-tahun awal periode epidemic; jadi infeksi HIV kini diartikan sebagai kelainan yang kronik.
Orang yang menderita ketidak mampuan kronis karena infeksi HIV kerapkali mengalami perasaan mudah lelah, penurunan ketahanan tubuh, penurunan berat badan, edema, kebutaan dan kesulitan menelan yang semuanya akan menyebabkan gangguan fungsional dengan derajat yang beragam.
Banyak penderita infeksi HIV mengalami kelainan neurologic yang mengakibatkan demensia, hemiplegia, paraparesis spatik, neuropati yang nyeri dan kelemahan otot distal serta proksimal. Disamping penatalaksanaan medis dan keperawatan, banyak penderita infeksi HIV memerlukan pelayanan rehabilitasi oleh ahli terapi okupasi, fisioterapi dan terapi wicara.
Hampir semua pasien AIDS akan mengalami sedikitnya satu jenis infeksi oportunis selama perjalanan penyakitnya. Meskipun banyak infeksi dapat diobati dengan hasil yang memuaskan, sebagian pasien tidak pernah sembuh kembali secara penuh dan menghadapi resiko untuk mederita infeksi sekunder atau penyakit kanker.
Terapi sering dipersulit dengan tanda-tanda dan gejala penurunan keadaan umum pasien yang menderita infeksi HIV/penyakit AIDS seperti keluhan mudah letih yang tidak jelas penyebabnya, sakit kepala, pengeluaran keringat yang berlebihan pada malam hari, penurunan berat yang tidak jelas penyebabnya, batuk kering, napas yang pendek, kelemahan yang ekstrem, diare dan limfadenopati yang persisten. Sakit kronik terjadi kalau penyakit oportunis dan gejala infeksi HIV/AIDS tidak dapat disembuhkan.
Efek sakit kronik ialah berkurangnya tenaga, bertambahnya pengeluaran, perubahan gaya hidup, perawatan dirumah sakit yang lama dan berkali-kali, semuanya ini dapat mengganggu kehidupan pasien. Pasien yang penyakitnya berlanjut hingga mencapai fase terminal infeksi HIV/AIDS biasanya menderita gangguan kekebalan yang parah.
Infeksi local yang multipel yang menyebar (diseminata) dengan mengenai beberapa system organ sering terjadi. Banyak pasien menderita malnutrisi berat karena terganggunya asupan oral, malabsorbsi gastrointestinal dan efek penyakit oportunis. Kegagalan paru, renal dan hepar dapat terjadi akibat infeksi atau malignansi.
Kerusakan kulit karena imobilitas, diare yang profus dan progresivitas sarcoma Kaposi lazim terjadi. Gangguan neurologic dapat berlanjut menjadi keadaan koma dan akhirnya kematian.
Pasien infeksi HIV/AIDS stadium lanjut biasanya sudah tidak bisa bekerja , tidak mampu mempertahankan peranan atau hubungan yang sekarang atau tidak dapat merawat diri sendiri tanpa bergantung pada orang lain. Kematian terjadi karena tidak ada terapi yang efektif untuk penyakit yang oportunis atau karena pasien tidak lagi responsive terhadap terapi yang standar.